连栋大棚的棚内消毒一般是在播种或定植前7天-10天进行的，消毒的方式是以每立方米用四克硫磺、八锯末克混合均匀，放在容器内燃烧，于在晚七点钟熏烟密闭一天一夜。

    其次是连栋大棚土壤消毒，针对土壤的病虫害种类选用农药，在定植前10天-15天进行。如果植物的枯萎病严重的话，可在畦面或沟面喷浇100倍-200倍的福尔马林液，用薄膜覆盖五天，等半月后药剂就全部挥发完毕了才可以播种、定植；若有地下害虫，则可在土壤处理时加一定数量的杀虫剂消毒。

    另外连栋大棚周围的沟塘也要进行消毒，通常是每亩用50%托布津1.25千克或50%多菌灵0.75千克或70%五氯硝基苯1千克左右进行消毒。除此之外，不能忽视的是工具的消毒，因为有些病害是通过作业工具的缝隙得以留存的，从而成为了连栋大棚病害传播的罪魁祸首。

    等到连栋大棚的各个角落都用适当的方式消毒完之后，才能进行蔬菜的播种、定植，这样有助于减少植物发生病虫害的几率，从而达到增产增收的目的。